Obavijesti za korisnike

Održavanje i korištenje klastera Isabella

Pravilnik o radu

Korištenje klastera regulirano je dokumentom "Pravilnik o radu i uporabi računalnog klastera Isabella". Svrha ovog dokumenta je da se istakne prihvatljiva uporaba računalne opreme te da se nedvosmisleno raspodjele radne zadaće i odgovornost za njihovo izvršavanje.

Vijeće Korisnika

Vijeće korisnika čine tri predstavnika korisnika te po jedan predstavnik MZOS-a i Srca. Vijeće korisnika sastaje se po potrebi radi rješavanja tekućih operativnih problema. Vijeće korisnika čine:

  • dr. sc. David Smith - predstavnik projekta 'Računalno proučavanje strukture i funkcije proteina', Institut Ruđer Bošković, Zagreb
  • prof. dr. sc. Olga Kronja - predstavnik projekta  'Skala stabilnosti karbokationa, njihove strukture i biomimetska pregrađivanja', Farmaceutsko-biokemijski fakultet, Sveučilište u Zagrebu
  • dr. sc. Sanja Tomić - predstavnik projekta 'Povezanost fleksibilnosti, strukture i aktivnosti u porodici dipeptidil peptidaza III', Institut Ruđer Bošković, Zagreb
  • Ružica Vučić - predstavnik MZOS-a
  • Emir Imamagić - predstavnik Srca

Prijava projekta/korisnika

Rad na klasteru omogućen je svim suradnicima projekata prijavljenih pri MZOS te organizacijama i pojedincima koji nemaju projekt pri MZOS ali im je korištenje klastera odobreno od strane Vijeća korisnika.

Za otvaranje korisničkih računa i rad na klasteru potrebno je prijaviti projekt i korisnike koji će izvršavati poslove na klasteru. Prijava je moguća putem slanja popunjenih dokumenata na adresu Srca.

Korisnički računi

Svakom korisniku klastera na pristupnom računalu (tannat.srce.hr) otvoren je korisnički račun. Pristup računalu moguć je isključivo korištenjem secure shell protokola (SSH) protokola i odgovarajućeg klijenta. SSH pristup moguć je samo s računala koja se nalaze u CARNet-ovom adresnom prostoru. Pristup računalu korištenjem TELNET/RLOGIN/RSH protokola onemogućen je iz sigurnosnih razloga. Pristup sa pristupnog računala na bilo koji računalni čvor te među računalnim čvorovima moguć je i korištenjem RSH/RLOGIN protokola.

Elektronička pošta

Svaki korisnik klastera posjeduje pripadni račun elektroničke pošte (e-mail) čija je isključiva namjena obavještavanje korisnika o rezultatima izvršavanja podnesenih poslova i na kojem je onemogućeno primanje poruka.

Prijenos podataka (SCP)

Za prijenos podataka (aplikacija, podataka za obradu, rezultata obrade) između vanjskog računala i pristupnog računala  korisnici mogu koristiti protokole SFTP i SCP. Prijenos podataka korištenjem FTP protokola onemogućen je iz sigurnosnih razloga. Prijenos podataka unutar klastera - između pristupnog računala i računalnih čvorova moguć je korištenjem SCP protokola ili uz pomoć mrežnog datotečnog sustava (NFS).

Organizacija diskovnog prostora

Svakom korisniku klastera uz korisnički račun pripada i odgovarajući direktorij za smještanje podataka. Ovaj direktorij smješten je na pristupnom računalu, no korištenjem mrežnog datotečnog sustava (NFS) vidljiv je sa bilo kojeg računalnog čvora (unutar direktorija /home) pa su i korisnikovi podaci kreirani na pristupnom računalu, njemu automatski dostupni na bilo kojem računalnom čvoru sustava. Kako je količina diskovnog prostora za korisničke direktorije ograničena, na klasteru je za spremanje većih datoteka (podataka za obradu, rezultata obrade) oformljen poseban datotečni sustav (/home/shared). Ovaj sustav fizički je smješten na središnjem diskovnom prostoru Srca (SAN) i trenutno je za njega dodjeljeno 200 GB diskovnog prostora. Prilikom izvršavanja poslova aplikacije mogu koristiti datotečne sustave za privremeni smještaj podataka koji se nalaze na svakom računalnom čvoru (/scratch).

Podnošenje poslova

Podnošenje poslova na klasteru vrši se korištenjem 'qsub' komande SGEE JMS (Job Management) sustava. Prilikom podnošenja posla potrebno je unutar skripte kojom se pokreće posao ili korištenjem parametara u komandnoj liniji specificirati zahtjeve koje posao ima prema klasteru i računalnim resursima (tip posla, okolina, broj procesora, korištenje memorije, zahtjevano vrijeme obrade, ...).

Točna specifikacija posla utjecat će na mogućnost i brzinu JMS sustava da poslu dodjeli odgovarajuće resurse i pokrene ga. Stoga je što detaljnije opisivanje parametara posla nužno i korisno.

Ograničenja prilikom pokretanja poslova

Prilikom pokretanja posla potrebno je voditi računa da posao na pojedinom računalnom čvoru ne koristi više radne memorije nego što je na njemu dostupno. Korištenje više memorije nego što je u tom trenutku raspoloživo rezultirat će korištenjem virtualne memorije (smještene na diskovima računalnog čvora) od strane operacijskog sustava te višestrukim usporenjem izvršavanja posla. S obzirom na korištenje dvoprocesorskih računalnih čvorova i mogućnost istovremenog odvijanja dva posla na jednom računalnom čvoru najbolje je memorijske zahtjeve dimenzionirati do 1/2 raspoložive radne memorije.

Smještanje privremenih podataka na nekom od datotečnih sustava koji su dostupni putem mrežnog datotečnog sustava (/home/... ili /home/shared) utjecat će, zbog intenzivne potrebe za mrežnom komunikacijom, na degradaciju brzine izvođenja poslova pa se stoga mole korisnici da prilikom izvršavanja njihovi poslovi za smještanje bilo kakvih podataka nužnih tijekom izvođenja koriste tome namjenjen diskovni prostor na samom računalnom čvoru.

Dostupne aplikacije, programski alati i biblioteke

Na klasteru Isabella i računalnim čvorovima trenutno su dostupne slijedeće aplikacije, alati i biblioteke:

  • Gaussian '98
  • Gaussian '03
  • Gaussian 09-D01
  • Intel Linux Application Debugger v7.3.2
  • gcc Compiler v4.4.6
  • MPI biblioteke za paralelno izvođenje poslova
  • High-Performance Linpack
  • ATLAS BLAS