Usluga HTC Cloud kao dio praktične nastave na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu

3. 12. 2020.

Elastični klaster u HTC Cloudu koristit će se u svrhu izvođenja praktične nastave iz kolegija „Strukturna računalna biofizika“. Nositelj kolegija je izv. prof. dr. sc. Branimir Bertoša, a asistentica Andrea Hloušek-Kasun, mag. biol. mol. Kolegij je primarno namijenjen studentima diplomskog studija Molekularne biologije i Kemije na Prirodoslovno-matematičkom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu. Cilj teorijskog dijela kolegija je upoznati studente s teorijskom podlogom metoda molekulskog modeliranja bioloških makromolekula (biomakromolekula), dok se praktični dio sastoji od pripreme, pokretanja i analize računalnih simulacija, prvenstveno simulacija molekulske dinamike korištenjem programskih paketa Amber i Gromacs.

Stručnjaci Srca pripremili su elastični klaster za izvođenje računalnih simulacija u sklopu kolegija. Klaster svakom studentu omogućuje izvođenje simulacija paralelno na 16 procesorskih jezgri te dovoljno prostora za pohranu dobivenih rezultata. Ovo uvelike olakšava i ubrzava izvođenje praktične nastave koja bi se inače održavala u prostorijama fakulteta, a u ovim posebnim okolnostima uvjetovanim pandemijom koronavirusa omogućuje svakom studentu izvođenje praktične nastave na daljinu.

Usluga Srca HTC Cloud zasnovana je na računarstvu u oblaku (eng. Cloud computing) koja korisnicima omogućava stvaranje i upotrebu virtualnih poslužitelja s visokom učinkovitošću. Odlika HTC Clouda je fleksibilnost kod uporabe i pokretanja proizvoljnih programskih sustava i aplikacija, prvenstveno onih koji trebaju značajne računalne resurse za postizanje svojih ciljeva. Elastični klaster računarstva u oblaku (engl. Elastic Cloud Computing Cluster EC3) omogućava pokretanje klastera na usluzi HTC Cloud korištenjem posredničkog sustava za računarstvo u oblaku OpenStack.

Klasteri se pokreću s optimiziranim korisničkim aplikacijama spremnim za korištenje. Kao i na klasteru Isabella, za raspoređivanje i upravljanje poslovima koristi se Son of Grid Engine (SGE). Velika prednost EC3 je u dinamičkom upravljanju klastera - prilikom povećanja opterećenja automatski se pokreću potrebni virtualni radni čvorovi, a nakon definiranog razdoblja neaktivnosti automatski gase.

HTC Cloud vizual