U Srcu održani razgovori o naprednom računanju

21. 11. 2022.

Srce je u razdoblju od 14. do 16. studenoga organiziralo niz događanja namijenjenih znanstvenoj zajednici s ciljem jednostavne i učinkovite primjene infrastrukture HR-ZOO za provođenje računalno zahtjevnih istraživanja. Kako se radi o prvom od niza planiranih događanja pod okriljem Programa za zajednicu Srca, za početak je fokus stavljen na tri znanstvena područja za koja je iskazan najveći interes - računalna kemija, bioinformatika i strojno učenje.

Na početku svakog događanja predstojnik Sektora za napredno računanje Emir Imamagić predstavio je novu generaciju nacionalne e-infrastrukture HR-ZOO te novosti vezane uz nadolazeću HPC i HTC infrastrukturu.

Tim Srca specijaliziran za podršku znanstvenicima, predstavio je mogućnosti uporabe naprednog računanja u području računalne kemije, bioinformatike i strojnog učenja, a također su predstavljene i brojne aplikacije koje upravo tim znanstvenim zajednicama omogućavaju rad na klasteru te prednosti korištenja istih. Naime, projektom HR-ZOO, Srce je uvelo novi oblik korisničke podrške znanstvenicima na primjeni infrastrukture HR-ZOO za provođenje računalno zahtjevnih istraživanja.

Emir Imamagić, Sveučilišni računski centar, predstavljanje novosti na infrastrukturama Srca
Emir Imamagić, Sveučilišni računski centar, predstavljanje novosti na infrastrukturama Srca

Međusobna suradnja, dijeljenje informacija i iskustava, kao i predlaganje novih ideja od velike su važnosti za sva područja, stoga su središnji dio tih događanja bila izlaganja gostujućih predavača sa znanstvenih ustanova te panel diskusije koje su zatim uslijedile. Brojni panelisti predstavili su svoja iskustva u primjeni HPC tehnologija te izložili potencijal primjene naprednog računanja u specifičnim znanstvenim područjima.

U području računalne kemije, svoja iskustva u provedbi računalno zahtjevnih istraživanja sa sudionicima su podijelili doc. dr. sc. Davor Šakić s Farmaceutsko-biokemijskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu, dr. sc. Robert Vianello i dr. sc. Nađa Došlić s Instituta Ruđer Bošković koji upravo svojim bogatim znanjem i iskustvom mogu kroz ovaj tip druženja pomoći početnicima u primjeni naprednog računanja u istraživačkom radu.

Sudionici panela (s lijeva na desno): doc. dr. sc. Davor Šakić, Farmaceutsko-biokemijski fakultet Sveučilišta u Zagrebu, Kristijan Mrkalj, Sveučilišni računski centar, dr. sc. Robert Vianello, Institut Ruđer Bošković, Lucija Vrban, Sveučilišni računski centar i dr. sc. Nađa Došlić, Institut Ruđer Bošković (Napredno računanje i računalna kemija).
Sudionici panela (s lijeva na desno): doc. dr. sc. Davor Šakić, Farmaceutsko-biokemijski fakultet Sveučilišta u Zagrebu, Kristijan Mrkalj, Sveučilišni računski centar, dr. sc. Robert Vianello, Institut Ruđer Bošković, Lucija Vrban, Sveučilišni računski centar i dr. sc. Nađa Došlić, Institut Ruđer Bošković (Napredno računanje i računalna kemija).

Raspravu zajednice bioinformatičara su potaknuli te s nama iskustva podijelili prof. dr. sc. dr. h. c. Ino Čurik s Agronomskog fakulteta Sveučilišta u Zagrebu i Lada Jovović s Instituta Ruđer Bošković.

prof. dr. sc. dr. h. c. Ino Čurik, Agronomski fakultet Sveučilišta u Zagrebu (Napredno računanje i bioinformatika)
prof. dr. sc. dr. h. c. Ino Čurik, Agronomski fakultet Sveučilišta u Zagrebu (Napredno računanje i bioinformatika)

Lada Jovović, Institut Ruđer Bošković (Napredno računanje i bioinformatika)
Lada Jovović, Institut Ruđer Bošković (Napredno računanje i bioinformatika)

Strojno učenje je metoda koja svoju primjenu nalazi u gotovo svim znanstvenim područjima stoga smo na ovom događanju imali priliku čuti iskustva većeg broja znanstvenika dr. sc. Višnje Stepanić, dr. sc. Ivora Lončarića te dr. sc. Zorana Štefanića s Instituta Ruđer Bošković, doc. dr. sc. Jurice Novaka s Odjel za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci te Tamare Đerđ i Domagoja Hackenberger Kutuzovića s Odjela za biologiju Sveučilišta J. J. Strossmayera u Osijeku. 

Sudionici panela (s lijeva na desno): dr. sc. Marko Kvakić, Sveučilišni računski centar, dr. sc. Zoran Štefanić, Institut Ruđer Bošković, doc. dr. sc. Jurica Novak, Odjel za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci, dr. sc. Ivor Lončarić, Institut Ruđer Bošković, Tamara Đerđ, Odjel za biologiju Sveučilišta J. J. Strossmayera u Osijeku, Domagoj Hackenberger Kutuzović, Odjel za biologiju Sveučilišta J. J. Strossmayera u Osijeku i dr. sc. Višnja Stepanić, Institut Ruđer Bošković (Napredno računanje i strojno učenje).
Sudionici panela (s lijeva na desno): dr. sc. Marko Kvakić, Sveučilišni računski centar, dr. sc. Zoran Štefanić, Institut Ruđer Bošković, doc. dr. sc. Jurica Novak, Odjel za biotehnologiju Sveučilišta u Rijeci, dr. sc. Ivor Lončarić, Institut Ruđer Bošković, Tamara Đerđ, Odjel za biologiju Sveučilišta J. J. Strossmayera u Osijeku, Domagoj Hackenberger Kutuzović, Odjel za biologiju Sveučilišta J. J. Strossmayera u Osijeku i dr. sc. Višnja Stepanić, Institut Ruđer Bošković (Napredno računanje i strojno učenje).

Stranice usluge Srce i zajednicaSva tri događanja, iako odvojena radi specifičnosti primjene naprednog računanja u različitim znanstvenim područjima, potakla su rasprave o sličnim temama. Istaknuta je potreba za povezivanjem zajednice korisnika, kao i međusobno dijeljenje dobrih praksi i iskustava budući da u svom radu znanstvenici nailaze na poteškoće u primjeni računalnih metoda. Rasprava se povela i oko načina prijave za računsko vrijeme te principa dodjele CPU sati budući da je izrazito veliki problem pitanje iskorištenosti računalnog resursa. Mogućnosti pristupa EuroHPC JU resursima kao i važnost promicanja dijeljenja podataka generiranih istraživanjima bile su neizostavne teme razgovora o naprednom računanju.

Okupljeni znanstvenici prepoznali su važnost uspostave specijalizirane podrške Srca pri podešavanju i optimizaciji klastera za pojedina istraživanja te potvrdili da Srce zasluženo zauzima središnju ulogu u pružanju računalnih usluga u Republici Hrvatskoj.

Više fotografija Razgovora o naprednom računanju pogledajte u fotogaleriji, a za informacije o budućim događanjima Programa za zajednicu posjetite stranice Srce i zajednica.

HR-ZOO lenta


Izdvojena događanja Srca

pro 07

Ove godine 7. prosinca obilježavamo Dan e-učenja.

pro 12

U anketi koju je Sektor za napredno računanje proveo među korisnicima, znanstveni softver Mathematica je jedan od najpopularnijih izbora pa zbog toga Wolfram Mathematica i Srce za sve zainteresirane organiziraju trodnevnu online radionicu o korištenju ovog znanstvenog softvera. Broj prisutnih na radionici je ograničen.