Podrška radionici „Korištenje UNIX sustava u bioinformatičkoj obradi genetičkih podataka“

7. 3. 2023.

Srce je od 3. do 6. ožujka 2023. pružalo podršku radionici "Korištenje UNIX sustava u bioinformatičkoj obradi genetičkih podataka" u sklopu HRZZ projekta AmphiAdriPlant. Radionicu su vodile dr. sc. Maja Mucko i dr. sc. Ivana Rešetnik, a održana je na Fakultetu šumarstva i drvne tehnologije.

Radionica se bavila osnovama korištenja UNIX sustava i često korištenim bioinformatičkim aplikacijama dostupnim na računalnom klasteru Isabella (STACKS, IQ-TREE, STRUCTURE-THREADER i MrBayes). Osim workflowa za obradu i analizu genetskih podataka koji su bili glavna tema radionice, tijekom radionice predstavljene su postojeće usluge naprednog računanja, nadolazeća usluga Galaxy za bioinformatičku analizu, te novi računarski resursi projekta HR-ZOO koji će biti predstavljeni na konferenciji DEI 2023 u ožujku.

Projekt AmphiAdriPlant bavi se proučavanjem genetske raznolikosti Apeninskog i Balkanskog poluotoka uslijed periodične smjene ledenih doba, prateći tri ekološki divergentne biljne skupine s obje strane Jadrana kroz kombinaciju tehnologija genetskog sekvenciranja i modeliranja povoljnosti staništa.

agronomija, srce, pmf logo